Športni krožki so namenjeni dijakinjam in dijakom, ki si želijo nadgradnjo športne vzgoje. Krožki jim omogočajo dodatno intenzivno vadbo in zadovoljevanje agonističnih (tekmovanje, primerjanje, doseganje rezultata) in socialnih (druženje, upoštevanje pravil in disciplina v skupini) potreb ter so hkrati tudi priprava na šolska športna tekmovanja. Udeležujemo se vseh razpisanih tekmovanj, za katere obstaja interes dijakov, tako deklet kot fantov. Tekmujemo v nogometu, košarki, rokometu, odbojki, atletiki, alpskem smučanju in deskanju, gimnastiki, badmintonu, namiznem tenisu, lokostrelstvu, strelstvu, plavanju, biljardu,...
Najboljši športni rezultat za Škofijsko gimnazijo so dosegla dekleta, ki so leta 2000 osvojila pokal državnih prvakinj v nogometu.
Smo tudi redni organizatorji področnega tekmovanja srednjih šol v rokometu, ki se vsako leto dogaja v mesecu novembru ali decembru.
Enkrat letno se družimo in tekmujemo na športnih igrah štirih slovenskih katoliških gimnazij, s katerimi si izmenjujemo organizacijo tekmovanja. Dijakinje in dijaki takrat tekmujejo v štirih panogah (nogomet, košarka, odbojka in namizni tenis).
Nikola Bistrović, prof.